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Los buscadores del futuro no buscarán en la web, sino en el ADN


La representación del ADN, tanto de seres humanos como de cualquier otro ser vivo, y el encontrar genes de interés en esta representación de un modo eficiente es un problema computacional que todavía está por resolverse. Una herramienta que permita identificar de un modo rápido un gen, o una mutación de un gen y mostrar la información disponible acerca de la función del gen y los estudios realizados sobre éste es de gran utilidad para los investigadores. Pero construir estas herramientas es algo complejo.


El primer problema es simplemente volumen de datos. Para representar la secuencia genética completa de una persona se necesitan en torno a unos 100 Gigabytes de datos. Representar a una persona no es problemático. Pero cuando queremos representar a muchos pacientes, o cuando se quiere representar a 1 millón de personas, como pretende Obama, pronto estos requerimientos de espacio de almacenamiento complican considerablemente la tarea. Es por ello por lo que típicamente los datos genéticos se suelen representar en formato VFC (variant call format), un formato donde sólo se almacenan aquellas partes de la secuencia genética de una persona que difieren del "estándar", esto es, el genoma obtenido en 2001 por el Proyecto del Genoma Humano. Este formato permite usar "tan solo" unos pocos cientos de megabytes para almacenar el genoma de una persona.

Una vez representado el genoma, el siguiente reto es ser capaz de buscar de modo eficiente en estas enormes bases de datos secuencias genéticas. Y ser capaz de representar la información de la búsqueda, así como el conocimiento que hay sobre dichas secuencias genéticas de un modo intuitivo y fácil de navegar para el usuario. Éste es el objetivo de empresas como ViaGenetics o Tute Genomics, que son para el código genético lo que Google es para la web.


Ahora mismo el mercado de los buscadores genéticos está muy fragmentado. Hay muchas empresas tratando de desarrollar un buen buscador. Lo mismo pasaba a finales de los 90 con los buscadores web. Y del mismo modo que pasó con los buscadores web, la mayor parte de estas empresas terminarán desapareciendo según el mercado se vaya consolidando y finalmente habrá un número pequeño de ellas. Pero las que perduren, serán negocios que tendrán una una magnitud similar a la que tienen buscadores web como Google, Yahoo o Bing.

#adn #bioinformatica #informática

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